1 管理体制的不完善
    我国的水利工程管理体制主要分为生产经营型和社会公益型两大类，基本上是地方服从中央，中央有着总的管理权，进行统一的调度，这就很容易在体制管理上出现一些问题，地方的自主权受到限制，中央由于不能做到具体情况的了解，容易做出错误的预判，还容易在一些管理问题上发生错位，导致责任不明，出现管理的疏漏；相关法律法规的缺乏。虽然说我国的水利工程在本世纪得到了飞速的发展，但是由于起步晚，并没有形成一套完整的健全的制度，虽然我们也出台了一些水利工程管理法，使得这个工程有法可依，但是在现实中还是会出现有法不依执法不严的现象，质量管理目标不明，造成水利工程的质量得不到保证，性能得不到很好的发挥。

2 质量管理存在问题
    质量管理问题一直是水利工程的重点管理方面，水利工程作为利国利民的公共工程建设，其质量安全是保证水利工程能够更好的造福百姓，提高水利事业整体能力为社会发展做贡献的重要保证。目前我国水利工程建设中存在很多不合理的地方，很多施工技术都没有严格按照国家法律规范和标准来进行，国家水利有专门的法律法规对水利工程进行了技术要求，这种技术不达标的行为会影响到水利工程的整体质量，影响到水利工程作用的发挥。并且水利主管部门对于水利工程质量监督控制不够全面有力，水利部门对质量的管理监督能力的匮乏是水利工程质量达不到标准的重要原因之一，水利工程的质量监督和管理的缺乏导致水利工程施工过程的要求和技术标准得不到保证，这些都是水利工程质量管理过程中存在的问题。

3 合同管理问题
    合同管理的问题也是水利工程质量管理工作所面临的问题，招标问题又是合同管理问题首先要解决的问题，其中招标不规范是水利工程管理中的常见现象之一，招标人运用不正当竞争手段，招标过程中根本无法保证承包商的实力和真正建设水平，这些问题都会影响到水利工程建设的整体质量水平。合同管理问题的第二大问题就是合同文件不准确，合同中常常出现两义性或者模糊不清的条款，这些问题是在合同签订时签订合同双方不认真核实所留下的问题。综上所述，在合同管理问题中典型的两个问题都应该根据法律条文在招标时作出相应的明确规定。

4 管理不善引起环境问题
    这里的环境包括自然环境和社会环境，不同地点的水利工程施工对环境的影响是不同的，需要根据具体的地理位置来分析。水利施工难以避免对土地、水、空气等造成影响，再加上噪音以及蓄水之后环境的改变，不仅会对人群的正常生活产生影响，还容易引发自然疫源性疾病、地方性疾病、性传染性疾病等的传播。而且，水利工程会对移民搬迁、文化传承等产生影响，既增大社会矛盾激发的几率，又可能会对自然景观和人文古迹造成不可修复的损失。